In einer fernen Zukunft sieht sich die Menschheit förmlich gezwungen weiter ins Weltall vorzudringen, da die natürlichen Ressourcen der Erde zur Neige gehen. Mit Minenschiffen, den sogenannten „Planetcrackers“ macht man sich daran, ganze Landstriche auf fernen Planeten abzutragen um diese nach nützlichen Ressourcen zu durchsuchen.
Die USG Ishimura, eines der bekanntesten Schiffe der Flotte gräbt auf einen Planeten ein unbekanntes Artefakt aus, das angeblich die Existenz Gottes belegt und bringen es an Bord.
Manche verehren es, die anderen verachten es und plötzlich kommt es zu tragischen Zwischenfällen…